投标保函是投标过程中常见的文件之一，用于保证承诺者（通常是招标方）在中标后履行其义务。在很多项目中，申请人需要提供一定数额的保函费作为担保。然而，对于投标保函费是否可以抵扣合同款项仍存在一些争议。
首先，我们需要明确投标保函费的性质。投标保函费并非合同款项，而是作为保证金的形式存在。它类似于其他保证金，例如履约保证金或预付款保证金等，并不属于合同的收入部分。
目前，我国法律对于投标保函费能否抵扣合同款项并无明确规定。然而，根据民事合同法中的法律原则，如果双方达成一致意见并明确约定了可以抵扣的具体金额或比例，那么就可以在合同中进行相应的扣除。
如果申请人希望将投标保函费抵扣合同款项，可以在合同中明确约定双方对此达成一致意见。首先，双方应当就抵扣的具体金额或比例进行协商，并在合同文本中明确记录下来。然后，在履行合同过程中，按照双方约定进行相应的抵扣操作。
如前所述，由于目前法律对于投标保函费抵扣合同款项没有明确规定，因此合同中的约定至关重要。但若双方对于抵扣的金额或比例存在争议，可通过友好协商、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。
为了避免投标保函费抵扣合同款项时出现争议，申请人在投标前应谨慎审查招标文件中对该问题的明确规定，并与招标方进行沟通和确认。同时，申请人还应保留相关的书面证据，以便在必要时能够维护自身的权益。
目前我国法律对于投标保函费抵扣合同款项并无明确规定，但根据双方的约定和协商，可以在合同中进行相应的抵扣操作。为了避免后续争议，双方在签订合同时应谨慎明确约定，并保留相关的书面证据。
