投标保函是指在招标过程中，为保证投标人履约和提高投标人的竞争力而向招标方提供的一种担保文件。它相当于投标人对自身履约能力的担保，确保若其中标后无法履行合同的情况下，由保函的发起人承担相关责任和赔偿。
投标保函在招标过程中具有重要的作用。首先，它可以增加投标人的信誉度和竞争力，因为招标方会更倾向于选择具备足够财力和实力的投标人。其次，投标保函可以降低招标方的风险，一旦投标人未能履行合同义务，招标方可以通过保函索赔，实现自己的权益保护。
投标保函与合同之间存在密切的联系。首先，投标保函通常是在中标后签署正式合同之前提交给招标方的，可以看作是合同签署前的一种准备工作。其次，投标保函在中标后履行合同过程中也具有一定的法律效力，是保障招标方权益的工具之一。
一般情况下，投标保函不能直接抵扣合同金额。投标保函主要是为了给招标方提供担保，保证投标人能够按照合同约定履行义务。而合同金额是双方协商一致的交易对价，不能通过投标保函直接进行抵扣或减免。
在一些特殊情况下，投标保函可能会被返还给投标人。比如，在未中标或招标流程中取消的情况下，招标方可能会将原本尚未使用的投标保函返还给投标人。但是，如果投标人中标并与招标方签署正式合同，通常情况下不会返还投标保函。
投标保函的有效期限会根据招标文件和合同约定来确定。一般情况下，投标保函的有效期限较短，通常在3个月至6个月之间。超过有效期限后，投标保函将失效，不再具备履行担保的效力。
投标保函的申请和办理流程一般包括以下几个步骤：首先，投标人需要与担保机构洽谈，确定保函的金额、期限等相关事项；其次，在担保机构审核通过后，投标人需要提供担保所需的材料和证明文件；最后，担保机构出具投标保函，并交由投标人提交给招标方。
