履约保证金，是指在合同签署或履行过程中，为了确保合同的有效执行及双方利益的保护，一方自愿提供给另一方作为担保的款项。通常情况下，履约保证金是由买方向卖方支付的，以确保买方按照合同要求的方式履行义务。
保函是一种信用工具，由银行或保险公司出具，承诺在某些特定条件下向受益人支付一定金额的款项。将履约保证金用保函形式扣除有以下好处：1) 保护买方权益：如果卖方不能按照合同要求履行义务，买方可以通过保函的方式获得赔偿；2) 提高交易效率：通过使用保函扣除履约保证金，双方不需要进行资金调度和监管，节省时间和成本。
扣除履约保证金的具体操作取决于合同条款和相关的法律法规。一般而言，可以按照以下步骤进行：
1) 双方在合同中明确约定履约保证金的金额及扣除方式；
2) 买方提供给卖方相应的保函，表明按照合同要求将履约保证金扣除；
3) 卖方确认并接受保函，并在必要的情况下提供相关文件和信息；
4) 双方确认后，卖方从买方的保函中扣除相应的履约保证金。
在履约保证金用保函扣除的过程中，双方需要注意以下事项：
1) 合同条款的明确定义：确保合同中有关履约保证金用保函扣除的条款清晰明确，避免引发纠纷。
2) 选择具备信誉的机构：买方需要选择具备良好信誉和实力的银行或保险公司出具保函，保证其真实有效。
履约保证金用保函扣除是现代商业交易中常见的做法，通过使用保函作为担保工具，可以有效保护交易双方的权益，并提高交易的效率。在扣除履约保证金过程中，双方应遵守合同规定，并选择信誉度高的机构进行操作，以确保顺利完成交易。
