履约保函是一种在商业合同中常见的担保方式，它为双方提供了一定的保障。当某一方无法履行合同义务时，履约保函可以作为索赔依据，从而保护受损方的利益。然而，在实际操作中，如何扣除履约保函的金额是需要注意的问题。
履约保函的扣除原则应该是根据实际损失进行计算。当发生违约事件时，受损方应该通过充分调查和证明来确定损失的具体数额，并根据这个数额来计算可扣除的履约保函金额。
在商业合同中，通常会规定扣除履约保函的先后顺序。例如，首先扣除违约方已支付的违约金或赔偿金，其次扣除可能获得的其他款项，最后才考虑扣除履约保函的金额。
受损方在追索履约保函金额时，应当注意不与其他损失进行重复索赔。也就是说，如果已经通过其他途径获得了对相同损失的赔偿，那么在计算履约保函的扣除金额时，应将这部分赔偿金额排除在外，并予以扣减。
商业合同中可能存在争议或异议的情况，对于这种情况，应事先约定相关的争议解决机制。在履约保函的扣除过程中，如果发生异议，双方可以根据事先约定的机制加以解决。这样可以有效避免因争议而导致的不必要的纠纷。
受损方在发现违约事件发生后，应立即通知违约方，并告知其履约保函的扣除金额。这样可以及时启动索赔程序，保护自身利益。同时，违约方也有权向受损方提出异议或辩解，双方可以在协商解决违约事宜时积极参与。
履约保函扣除的原则应当遵守相关的法律法规和合同约定。受损方在索赔履约保函金额时，应确保自己的行为合法合规，避免触犯相关法律规定，并按照合同约定的程序进行操作。
