履约保证金是合同当事方之间约定的一种支付方式，通常用于确保合同履行。履约保证金可以是一笔款项或者一种有价证券。而保函是一种由银行或保险公司签发的担保文件，用于确保合同履行。保函承诺在合同履行出现违约时进行赔付。
履约保证金和保函都旨在确保合同履行，但其功能和特点略有不同。履约保证金可被视为对合同履行的一种充值保障，一旦发生违约，无需申请支票、银行转账等即可立即充抵。而保函具有独立于合同金额的支付能力，能够更灵活地适应各种合同和交易模式。
履约保证金相对简便，有利于减少资金占用和手续费；同时，其违约赔偿流程也更加便捷。然而，履约保证金的金额较小，对于大型合同可能无法提供足够的担保。相比之下，保函的金额相对较高，能够有效保障合同的履行，但其申请手续较为复杂，涉及到银行信贷审批等环节。
在具体的合同操作中，履约保证金更常见于小额、短期、频繁交易的商业合同，如日常商品购销合同、服务合同等。相比之下，保函更多用于大额、长期、复杂交易，如建筑工程合同、国际贸易合同等。双方根据具体合同内容和风险评估来选择相应的支付方式。
将履约保证金完全替代保函要考虑实际操作难度、法律效力等问题。尽管履约保证金可作为一种补充的保证方式，但在特定情况下可能无法提供足够的担保。因此，在复杂的合同中，保函仍然扮演着不可替代的角色。
履约保证金和保函都是为了确保合同履行而存在的支付工具，各自有其功能、特点和应用范围。履约保证金能够简化操作流程，而保函则提供更灵活、更高额度的担保。在实际运作中，双方应根据合同规模、风险评估等因素选择合适的支付方式，并对履约保证金和保函的细节加以明确。
