工程履约保函是建筑工程合同中的一种重要保障方式，它能够保证承包商在工程完工后按照合同约定的质量、进度等条件进行履约。办理工程履约保函时，需要遵循一定的时间规定，如果办理晚了会产生一些不利影响。
首先，办理工程履约保函晚了可能会导致项目延期。建筑工程通常有一个明确的完工时间，而银行办理工程履约保函需要一定的时间来审核、核实相关资料，因此如果申请人在最后期限前提交保函申请，银行可能无法在规定的时间内完成办理流程，从而导致工程延期。
其次，延误办理工程履约保函还可能引发争议和纠纷。如果工程履约保函的办理受到晚延的影响，承包商可能会对甲方提出索赔或追加赔偿要求。这样一来，原本良好的合作关系可能会遭到破坏，甲乙双方关系紧张，还有可能涉及法律纠纷，增加了各方的成本和风险。
再次，晚延办理工程履约保函还可能影响资金的流转。在建筑工程中，进度款是施工期间融资的重要来源之一。如果工程履约保函未及时办理，甲方可能会对承包商的支付进行拖延，影响承包商的日常运营和项目的正常进行，增加了资金周转的压力。
况且，不只是工程履约保函办理晚了会产生不利影响，申请人未按照合同约定的条件进行办理，或者提供的材料不全、不准确等也都可能引起类似问题。因此，在办理工程履约保函时，除了要注意时间掌握，还应该严格遵守相关的规定和要求，以顺利保证合同的履约。
综上所述，工程履约保函办理晚了可能导致工程延期、纠纷发生、资金流转受阻等不利后果。因此，申请人在办理工程履约保函时务必按照合同约定的时间要求提前进行准备，并确保所提供的材料完整准确，以保证项目的正常进行和合同的顺利履约。
