保函是银行在一定条件下为委托人向受益人作出的法律责任担保文件，而保证金则是指在签订合同时由保证人交纳给对方作为履约担保的一笔钱款。
保函具有独立性和不可撤销性，具备法律效力，在委托人无法履约时，受益人可以直接向银行主张权益。而保证金则属于抵押物资产，用以弥补合同履约违约方所造成的损失。
保函广泛应用于国际商务领域，例如投标保函、履约保函和付款保函等。而保证金主要适用于房地产交易、建筑工程合同和其他涉及履约担保的交易。
保函的金额通常是根据合同价款或履约义务额度的百分比来确定。而保证金的金额是合同双方根据约定在合同签订时所商定的。
保函的费用通常由委托人承担，具体金额取决于银行对风险的评估及手续费率。保证金则是由履约一方提供，并根据具体交易情况进行协商。
保函的返还方式一般分为自动解除、到期退回和被受益人要求解除三种情况。保证金的返还方式则需要履约一方提供相应的履约证明后才能办理。
保函的主要风险是信用风险，委托人需确保充足的信用额度以避免反担保计入本单位授信总额。保证金的风险则在于一旦发生违约，支付保证金可能无法弥补全部损失。
