银行支付保函作为一种信用担保方式，其本质上是银行对被保函申请人的信用进行担保。然而，由于金融市场的不稳定性，申请人经营状况的变动以及其他相关因素的影响，存在着一定的风险。一旦申请人无法履行合约或发生违约情况，银行可能需要承担相应的赔偿责任。
办理银行支付保函需要提供大量的资料和证明文件，包括公司的财务状况、经营实力、资产状况等。同时，申请人还需要支付一定的手续费用。整个申请流程繁琐且时间较长，需要耗费大量的人力物力。
银行支付保函通常附带着一系列的限制条件，比如额度限制、期限限制、使用范围限制等。而在实际项目中，这些限制条件可能会对申请人造成不便，限制了其资金使用的灵活性。
由于银行支付保函一般只提供给特定的、信用较好的客户，因此在金融市场上，大部分的风险都集中在少数客户身上。如果这些客户发生违约导致银行承担巨大赔偿责任，将会给银行带来较大的财务压力。
申请银行支付保函需要有一定的信用基础。对于新成立的企业或信用记录不良的个人而言，办理银行支付保函较为困难。这对于那些急需资金担保的小企业或个人来说是一个较大的缺点。
银行支付保函通常适用于大额交易，对于小额交易来说，申请这种担保方式的成本可能相对较高且不划算。如果只是为了小额款项的担保，其他形式的信用担保可能更加适合。
一旦申请银行支付保函，银行会根据担保金额对申请人的信用额度进行相应的冻结，这将会对申请人的其他融资需求产生一定的影响。在一段时间内，申请人可能需要面临可用信用额度受限的问题。
