工程投标保函合作协议书是指建设工程招投标过程中，投标人为了确保其投标的真实性和信誉度，提供给招标单位的一种保证措施。在合作双方签订协议书前，需要了解保函的定义、作用和流程以及合作的主要内容和义务。
工程投标保函是指承接建设工程项目投标的企业向招标方所提供的一种担保性文件。它能够确保投标人诚信参与招标，并承担相关责任，对于招标方来说，可以更好地控制投标人的风险和安全性。
保函的办理过程可分为申请、审核、发放三个环节。首先，投标人需要向招标方提交保函申请材料，并按要求缴纳相应费用。然后，招标方将根据投标人的资质和信誉评估，进行审核。最后，审核通过的投标人将获得保函，并提交给招标方作为投标的凭证之一。
在签订工程投标保函合作协议书时，双方需要明确合作的具体内容和各自的义务。招标方需要提供详细的招标文件和评标标准，确保公正、透明的环境。投标人则需要按要求提交真实的投标资料，并承诺如中标将履行合同约定的责任和义务。
在合作期间，如果双方出现解约或违约情况，需要根据协议书中的相关条款进行处理。一方面，解约需要提前通知对方并经过双方协商达成一致；另一方面，如发生违约行为，需要承担相应的赔偿责任或采取其他法律手段解决争议。
如果在合作过程中发生争议，双方可以通过友好协商、调解或仲裁等方式进行解决。一般情况下，双方可以选择提交至相关行业协会或专业组织进行调解；若无法达成一致，则可以通过仲裁或诉讼途径解决争议。
工程投标保函合作协议书的签订，为工程建设和招投标活动提供了有效的保障和规范。双方应当本着诚实信用、平等互利的原则，共同遵守协议条款，并以合作共赢的态度促进建设工程行业的发展与进步。
