金融机构保函和银行保函是两种常见的担保方式，它们在使用场景、发行主体以及适用范围等方面存在一些区别。
金融机构保函通常由非银行金融机构发行，如保险公司、信托公司、担保公司等。而银行保函则由商业银行发行，作为银行业务的一部分。
金融机构保函通常适用于更广泛的场景，包括建筑工程、合同履约、投标保证等。而银行保函主要用于国际贸易和金融交易等特定领域。
由于金融机构比银行更多样化，金融机构保函的办理相对灵活便捷，同时费用也可能更低。相反，银行保函的办理一般需要满足更严格的条件，并且费用较高。
金融机构保函一般不具有背书功能，而银行保函可以进行不同形式的转让与背书。这意味着在需要转让保函权益时，银行保函更加灵活。
金融机构保函通常由于发行机构较多，可能存在一定的风险隐患。而银行保函由商业银行发行，受到监管的约束，也能够提供相对较高的信用保障。
综上所述，金融机构保函和银行保函在发行主体、适用范围、使用便利性、费用、背书方式以及对受益人的保障程度等方面存在明显的差异。在实际应用时，需根据具体需求和条件，综合考虑这些因素进行选择。
