甲方恶意扣取履约保函是指在合同履行过程中，甲方以各种理由扣留乙方提供的履约保函，给乙方造成了经济损失和困扰。这种行为严重侵犯了乙方合法权益，也违背了商业诚信原则。
首先，甲方恶意扣取履约保函使得乙方无法按时收回保函所对应的资金，导致乙方的资金链断裂。这将给乙方的生产经营活动带来极大的困难，严重影响订单的顺利进行。
其次，甲方扣留履约保函会导致乙方信誉受损。在商业活动中，信誉是企业最宝贵的财富之一。当甲方扣留乙方的履约保函被其他商户得知后，将对乙方的商誉形成负面影响，进而影响到乙方与其他商户的合作关系。
首先，甲方可能是出于经济利益的考虑扣留履约保函。有些甲方企业为了获取更多利益，故意找各种理由扣留乙方的履约保函，以期在合同履行过程中施压乙方，迫使其做出让利的决策。
其次，甲方可能是对乙方信誉不够信任才采取这种手段。在商业活动中，信誉是非常重要的。当甲方对乙方的信誉产生怀疑时，可能会采取措施扣留履约保函以确保自身的权益。
针对甲方恶意扣取履约保函的情况，乙方可以采取以下应对策略：
首先，及时与甲方沟通协商。在发现甲方有扣留履约保函的迹象时，乙方应积极主动地与甲方进行沟通，了解具体原因，协商解决方式，争取尽快收回履约保函。
其次，依法维护合法权益。如果甲方扣留履约保函的行为已经严重影响了乙方的正常经营活动，乙方可以通过法律途径来维护自己的权益，例如提起诉讼或仲裁。
甲方恶意扣取履约保函是商业活动中的一种不良现象，损害了乙方的合法权益。为了避免此类情况的发生，乙方应提高风险意识，在签订合同过程中谨慎选择甲方合作伙伴，并在履行合同过程中加强沟通和监督，确保自身权益不受损失。
