许多工程保函担保公司在提供保函服务时收取的费用相对较高。这是因为保函担保公司需要承担一定的风险，并为此支付额外成本。同时，由于市场竞争激烈，一些公司可能提高费用以获取更高的利润。然而，高昂的费用可能会给企业带来负担，尤其对于中小型企业来说。
工程保函担保公司通常会在合同中设定一系列限制和要求。这些限制可能包括保证金要求、项目进度要求以及绩效保证等。虽然这些限制可以确保担保公司的利益和风险控制，但也给企业带来了一定的不便与束缚。有时候，企业可能难以满足所有的限制要求，导致无法获得所需的保函服务。
由于涉及风险评估、资料审核等复杂程序，申请工程保函往往需要耗费大量的时间和精力。一些保函担保公司的申请流程可能相对冗长，需要企业提供大量的文件和证明。这对于一些急需保函的项目来说可能不利，特别是在紧迫的项目时间表下。
工程保函担保公司作为第三方提供担保，负责履行承诺，确保项目顺利进行。然而，某些情况下，担保公司可能存在无法按照合同履行的风险。这可能是由于担保公司自身经营问题、资金链断裂或无法支付承诺金额等原因导致。一旦出现违约，会给企业带来不小的损失和困扰。
并非所有工程保函担保公司都拥有良好的信誉。一些担保公司可能存在信誉不佳的情况，如拖欠赔付、虚假广告宣传等问题。选择一家信誉较差的公司可能会增加企业的风险，并且可能很难获得满意的保函服务。
尽管工程保函担保公司在提供风险保障和担保服务方面发挥了重要作用，但也存在一些缺点。企业在选择工程保函担保公司时，应当综合考虑各种因素，并寻找合适的担保合作伙伴，以提高项目顺利进行和风险控制的能力。
