在商业交易中，预付款保函是指一种由银行提供的担保形式。它承诺在某个特定条件下，如果买方无法履行合同而导致无法退还预付款项，银行将代为偿还预付款项。预付款保函通常用于购买大额商品或服务，以确保买卖双方的利益。
独立保函是指与合同直接无关的保函。独立保函是根据申请人的要求，作为依赖一份保函单独成立的合同。与主合同脱离开来，即便主合同发生争议或无效，保函的效力不受影响。独立保函在国际贸易中使用较为广泛。
在预付款保函的情况下，一般认为并不能作为独立保函。因为预付款保函是与特定合同有关的，它的目的是确保预付款能够被退还或抵消在未来付款中。与此相反，独立保函与合同无关，其目的是确保申请人履行下列义务：如按约定提供服务，按时支付款项等。
预付款保函通常依赖于某个主合同的有效性。如果主合同无效或发生争议，预付款保函也会失去效力。因此，预付款保函与独立保函之间存在明显的区别。
相比之下，独立保函具有一些优势。首先，独立保函不受主合同的影响，保证了申请人利益的最大化。其次，独立保函较为灵活，可以根据具体要求制定，可用于各种不同的商业交易。“一纸保函”足够解决涉及付款和履约问题。此外，独立保函在国际贸易中使用较多，更容易获得国外供应商的信任。
预付款保函与独立保函在定义和用途上存在着明显的差异。预付款保函依赖于主合同的有效性，而独立保函与合同无关，其效力不受主合同影响。尽管如此，选择使用何种保函应根据实际情况和具体需求来决定。
