工程保函是一种企业在参与工程项目时常常必须提供的财务担保形式，通常由银行发放。然而，虽然工程保函对于保障工程款项和项目进度有其作用，但也存在着一些弊端和风险。
申请工程保函通常需要支付高额的费用，这主要包括保证金和手续费。保证金是为了确保保函能够起到担保作用而需要交纳的，而手续费则根据保函金额的不同而有所差异。
申请工程保函需要通过银行的审批程序，该程序通常比较繁琐且周期较长。银行会对申请人进行严格审核，包括资信状况、经营状况等方面的评估，这给企业带来了一定的压力和困扰。
工程保函的形式相对固定，通常由银行制定模板进行填写。这意味着企业无法根据自身具体情况来进行灵活的调整和变更，一旦出现问题，很可能导致无法满足合同要求。
工程保函虽然能够为受益人提供财务保障，但实际上却由企业自己来承担风险。一旦发生违约或无法履行合同义务的情况，银行会向企业追索保证金，进而对企业的资金流动造成困扰。
工程保函的有效性依赖于发放保函的银行信誉。如果银行信誉受损，甚至出现破产等情况，保函的效力就会受到影响，导致企业无法获得相应的担保效果。
对于一些规模较小的企业而言，申请工程保函可能面临更大的困难。一方面，银行在审批过程中会对其资信状况进行严格把关；另一方面，较高的费用和保证金要求可能对企业的资金流动性造成较大压力。
一旦签署了工程保函，通常很难在项目进行过程中解除。一方面，银行不会轻易同意解除保函；另一方面，一旦解除，可能会导致违约责任的发生，给企业带来更大的经济损失。
工程保函虽然具有一定的作用，但也存在诸多弊端。企业在选择是否申请工程保函时，需要综合考虑各种因素，包括费用、手续、风险承担等方面，权衡利弊，做出明智的决策。
