银行保函和保保证金都是在商业交易中起到担保作用的一种方式。它们是为了保障合同履行及降低合同风险而设立的金融工具。然而，虽然它们的目的相似，但在实际使用和效果上存在一些差异。
银行保函是指银行以自己的信誉对客户的责任或义务进行担保，确保履行合同中的某项义务。银行保函可分为投标保函、履约保函和支付保函等不同类型。具体而言，投标保函通常用于参加工程招标；履约保函用于确保合同履行；支付保函用于保证支付义务。
保保证金是指甲方要求乙方缴纳的一定金额作为履约担保。可以理解为一种以款项形式提供的押金。当乙方违反合同或未能履行合同义务时，甲方可以从保证金中扣除相应费用进行赔偿。
首先，在担保方式上，银行保函是以银行信用为基础进行担保，而保保证金则是将一定金额作为担保。
其次，在使用范围上，银行保函适用于各类商业交易、支付保函、投标保函等。而保保证金通常用于建设工程、采购合同等领域。
另外，银行保函要求甲方提供一定的担保手续费用，通常需要支付一定比例的保函金额作为费用。而保保证金只需乙方缴纳一定金额，并在合同履行完毕后返还。
对于甲方来说，如果需要确保合同履行，尤其是涉及到大额交易和跨境交易，可以选择银行保函。对于乙方来说，如果缺乏资金或信用条件，无法提供银行保函，可以选择提供保保证金。
银行保函和保保证金都是为了降低合同风险、确保合同履行而设立的担保工具。在实际应用中，根据具体情况选择适合的担保方式非常重要。
