作为一种非银行金融产品，保函的费用通常较高。非银行金融机构提供保函时，会根据申请方的信用评级、担保金额和期限等因素设定相应的费率。相比于传统的银行保函，非银行金融机构往往收取更高的手续费和利息，这对于一些中小企业来说是一个负担。
与银行不同，非银行金融机构的信誉程度通常较低。这意味着在发生债务违约或纠纷时，申请方可能面临更大的损失。尽管非银行金融机构也会进行风险评估，但其评估标准和能力有限，无法与传统银行相媲美。
非银行金融机构对于保函的使用条件通常较为苛刻。它们可能要求申请方提供额外的担保或抵押品，并限制担保期限和金额范围。这种限制条件可能导致一些中小企业无法满足要求，从而无法获得所需的保函支持。
与银行保函的较长有效期相比，非银行金融机构提供的保函通常具有较短的有效期限。这对于一些需要较长时间完成项目或交易的申请方来说，可能带来一定的不便和不确定性。
非银行金融机构通常集中于特定的地区或领域。这意味着在某些地区或特定行业，找到合适的非银行金融机构来提供保函服务可能会更加困难。这对那些跨地域或多元化经营的企业来说，可能增加了额外的运营风险。
与银行保函相比，非银行金融机构提供的保函往往难以获得其他金融机构的融资同意。这是由于市场对非银行金融机构信誉的认可程度较低，无法与传统银行相提并论。这对于那些需要借款扩大业务或投资项目的企业来说，可能造成融资困难。
相对于银行保函受到严格的监管制度，非银行金融机构在提供保函服务时缺乏有效的监管和监督机制。这可能导致一些不良的商业行为出现，增加了申请方的风险。
